Né à Besançon, Serge Elissalde fait des études d’Arts plastiques à Bordeaux. Ensuite, il enseigne pendant deux ans à Toulouse et à Lille. Il décide alors d’acquérir les techniques de l’animation de manière autodidacte. Il termine en 1990 son premier court métrage : Le Balayeur. A Paris, il participe avec plaisir à la création de l’Atelier d’anim qui devient son lieu de prédilection en même temps qu’un pôle discret de l’animation parisienne.
Ses courts métrages Le balayeur, La vie secrète d’Emile Frout, Raoul et Jocelyne, ont obtenu de nombreuses récompenses en France et à l’étranger.
En 2002-2003, il réalise Verte pour France Télévision, d’après un roman de Marie Depleschin et Merlin, d’après une bande dessinée de Sfar et Munuera. En 2003, pour ses débuts au cinéma, il signe le moyen métrage Loulou (adapté du livre de Grégoire Solotareff) inclus dans le film Loulou et autres loups…
2006 est une année faste pour lui. Il présente un long métrage U, écrit par Grégoire Solotareff et un court métrage L’homme de lune adapté de l’œuvre d’Oscar Panizza qui obtient le prix Sacem au dernier festival d’Annecy.